رفض الدكتور يوسف زيدان، عضو مجلس أمناء مؤسسة «تكوين للفكر العربي»، بشكل قاطع ‏فكرة إجراء ‏مناظرات دينية بين أعضاء المؤسسة وأشخاص أخرين، قائلا:« أنا رافض تماما‎.. ‎لا ‏أنا عملتها قبل كدا ولا أحب حد يعملها.. رأينا جميعا النتيجة من قبل، المناظرة هي التي أودت ‏بحياة فرج فودة وضيعت نصر حامد أبو زيد».‏
وشدد خلال لقاء لبرنامج «كل يوم» مع الإعلامي خالد أبو بكر، المذاع عبر«‏ON E‏» ‏‎ ‎مساء ‏الخميس، على عدم جدوى الخوض في جدال ديني، قائلا:« لا جدوى من الجدال الديني.. أو ‏حتى قصة حوار الأديان ليس لها أي جدوى هو شيء فارغ ولن يؤدي إلى شيء، ثبت بالتجربة ‏أنها تؤدي إلى كوارث، ومجتمعنا لا يتحمل صدمات أخرى من هذا النوع». ‏
وأشار إلى أن موقع المؤسسة وأهدافها وطريقة عملها لا تتضمن أي كلمة عن الدين، مشددا أن هذا ‏الموضوع ليس من أولوياتها.‏
وضرب مثالا على ذلك، ببودكاست ناقش السيرة النبوية، قائلا: «في ناس خرجت وتحدثت عن ‏شخص في بودكادست بيناقش السيرة النبوية هل صحيحة أم لا، يا سيدي أيوا لكن ده مش دين، ‏هذا بحث تاريخي».‏
وتابع: «البودكاست كان يقول (ياجماعة خدوا بالكم متتخانقوش مع بعض وتقطعوا هدوم بعض ‏علشان حاجة وجدت في السيرة، لأنها كتبت بعد 250 سنة من وفاة الرسول)، هذا ليس معناه ‏الهجوم على السنة إطلاقا ولكن وجدنا تكفيرا بسببه من الجانب الآخر ».‏